儿童重症肌无力可分为3种类型：自身免疫性重症肌无力、新生儿暂时性重症肌无力、先天性重症肌无力。
其中儿童自身免疫性重症肌无力与成人大致类似，是累及神经肌肉接头突触后膜的乙酰胆碱受体的自身免疫性疾病，治疗方法可参考成人重症肌无力治疗。
新生儿暂时性重症肌无力发生率在9%-30%。这是由于患重症肌无力的母亲体内的抗乙酰胆碱受体抗体通过胎盘，进入胎儿体内，使新生儿发病。母体的抗体水平与新生儿发生肌无力的频度和严重性相关，但患儿症状的严重程度与母亲的病情无相关性。
AChR抗体介导的重症肌无力的临床症状，包括全身肌张力低、乏力、眼睑下垂、球肌及呼吸肌受累。症状往往不会立刻出现，可能发生在数小时或几天内，且持续2周至数月。此时血清抗乙酰胆碱受体抗体水平较高。如果有足够的证据提示新生儿暂时性重症肌无力的诊断，需马上开始治疗，用抗胆碱酯酶药物可以改善症状。数天至数周后，症状逐渐消失，血清抗体水平也降至正常。
先天性重症肌无力是一组异质性很高的罕见病，表现为出生或婴儿期甚至发生更晚的肌无力症状。眼外肌受累较明显，多为不完全性、对称性和持续性的肌麻痹。常伴面肌无力，可影响喂养。典型的临床表现为眼睑下垂、眼肌麻痹、球肌麻痹，偶尔可出现呼吸困难。但患者通常不具备典型症状波动性，发病机制与神经肌肉接头蛋白基因突变有关，而非免疫介导，所以对免疫调节剂及抑制剂治疗无效。
抗胆碱酯酶药仅对面肌及躯干肌有效，对眼外肌麻痹无效。精确的诊断和进一步治疗是非常专业，而且需要在有诊断这类疾病经验的神经肌肉疾病中心进行。偶尔，先天性重症肌无力患儿在孕期或产后不出现症状，而在比较晚的时候急性起病，此类先天性重症肌无力与自身免疫性的重症肌无力很难鉴别。对非近亲结婚的父母，有先天性重症肌无力的母亲很少会遗传给子女，因为先天性重症肌无力是一种常染色体隐性遗传的疾病（除了常染色体显性遗传的慢通道综合征以外）。患者病情多持久，可随年龄增长逐渐好转。
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