甲亢和重症肌无力可先后或同时发生，重症肌无力可发生在甲亢病程的各个阶段。这两种疾病实质上都是自身免疫性疾病，就像同一家财团资助的两家企业一样，源头上都是一样的，二者之间可能存在共同的发病基础：即为共同的免疫靶器官-眼部肌肉的交互免疫反应和共同的遗传背景。
对初诊重症肌无力病人均应该筛查是否合并甲亢，如果两病同发，在治疗上需要两者兼顾。一般而言，两个病的治疗没有冲突，若无内科禁忌症者可应用糖皮质激素治疗，亦可进行胸腺摘除（治疗重症肌无力），同时服用甲巯咪唑和左旋甲状腺素片（治疗甲亢）。
重症肌无力合并甲亢的病人应适当增加随访次数、延长随访时间，以期达到比较满意的临床效果。
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