由于是少见病，医院的外科收治合并需手术病人的重症肌无力患者后都要请神经科会诊确定手术指征和麻醉方式，其实临床医学的基本原则就是“解决目前的主要矛盾”，如果病人的手术迫在眉睫，比如肠梗阻或脾破裂，不管以前的重症肌无力如何都需行紧急手术，即使手术会使重症肌无力病情加重也不必顾忌，因为当下的外科情况若处理不及时会危及生命，所以重症肌无力患者行急诊手术主要参考的是外科本身的手术指征，至于重症肌无力的病情只有走一步看一步。若手术本身是择期手术，则需充分考虑患者重症肌无力的病情，若病情不稳定（IIB型或危象），则应推迟至病情稳定方可进行，如子宫肌瘤或胸腺瘤等。
围手术期应用的一些药物可能会使MG病情恶化，在麻醉选择方面，一般局麻或脊髓麻醉优于全麻。神经节肌肉接头阻滞剂应该有选择性地慎用，去极化肌松剂（如司考林）所需剂量可能比非MG病人高，但非去极化肌松剂（如万可松）仅需较低剂量就可引起明显且维持时间长的阻滞效应，术后所需辅助呼吸时间也延长，故重症肌无力病人多建议使用去极化肌松剂（如司考林）。
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